RIPA裂解液的裂解产物中经常会出现一小团透明胶状物，该透明胶状物为含有基因组DNA等的复合物。在不检测和基因组DNA结合特别紧密的蛋白的情况下，可以直接离心取上清进行后续实验；如果需要检测和基因组结合特别紧密的蛋白，则需通过超声处理打碎打散该透明胶状物，随后离心取上清用于后续实验。如果检测一些常见的转录因子，如NF-κB、p53等时，通常不必进行超声处理，就可以检测到这些转录因子。

组织裂解：先将组织剪成细小的碎片，之后利用匀浆器或超声破碎的方法，镜检显示细胞破碎率大于90%，同时组织已经完全裂解，没有明显的小组织块。之后按照细胞裂解的步骤进行裂解，裂解程度的判断标准与细胞裂解一致。

细胞裂解：加入RIPA后，充分裂解的细胞，没有细胞沉淀，很粘稠。如果像浑浊的水一样粘性很小则可能是裂解液得量加太多导致的；相反，如果RIPA裂解液后出现胶状物体，离心不能沉淀则可能是蛋白太多，RIPA裂解液加入的量太少导致的。