在选择抗体时，特异性是一个关键因素，它直接影响实验结果的准确性。特异性的选择主要需要考虑四个方面：蛋白特异性、种属特异性、实验方法特异性、标记物的特异性。以下是一些在选择抗体时需要考虑的特异性各个方面：
1、蛋白特异性
针对需要检测的蛋白查找抗体，几个细节要区分：
a.重组蛋白如果不是全长表达，则需要注意抗体的免疫原区域是否在重组蛋白区域内。
b.内源性蛋白最好能清楚其剪切与修饰的方式，特殊表型的蛋白需要进行序列比对，并结合抗体免疫原序列，查看交叉反应的情况。
c.磷酸化蛋白检测需要确定具体位点，不同位点的磷酸化意味着可能有不同的机制存在，不宜一概而论。
2、种属特异性
同种蛋白不同物种，有着或大或小的差异。
a.目前大部分商品化抗体都是以人源蛋白序列为模板重组蛋白或设计多肽抗原的，根据蛋白的同源性的情况与其他种属发生交叉反应。需要参照说明书注明的可反应种属信息。
b.一些稀有种属很难找到抗体，可以通过蛋白的序列比对，选择同源序列免疫的抗体，不过一般这种情况生产商不会受理其关于质量的申诉，如果可以申请到免费的抗体样品，则利于抗体选择。
3、实验方法特异性
目前使用抗体的实验方法有很多，不同的使用方法过程中，因为对蛋白样品的处理方式不一样，蛋白的含量有差异，对抗体的识别表位和效价要求都是不一样的。
4、标记物的特异性
一般基于实验操作的实验方法不会使用带有标记的一抗，比如 WB、IHC 等，都是通过二抗类的试剂标记达到结果呈现的目的。但是基于仪器分析的一些实验，可能就会使用到直接标记的一抗，比如流式实验。那么需要了解到自己将要使用的仪器能检测到的荧光范围，针对不通的参数要求选择对应的标记物。在免疫荧光双标实验中，需要选配不同的荧光标记物。应的标记物。在免疫荧光双标实验中，需要选配不同的荧光标记物。
