以往, 我曾这样认为, PCR试剂盒这类物品, 属于仅能使用一次便需丢弃的消耗性用品。购置时, 依据产品目录进行挑选, A公司所产的价钱颇高但数据稳定, B公司的售价低廉然而有时数据会出现波动, C公司的各方面表现优良只是发货速度迟缓。在实验室之中, 每一个人都有着各自的喜好, 为此争论不休却始终没有一个可以遵循的标准。
但最近两年,风向变了。
许许多多的实验室, 逐个开始暗自把手中所拥有的试剂盒, 替换成一种被称作“通用型PCR试剂盒”的物品。最初的时候, 我尚且感到心里疑惑不解, 这个物品究竟好在哪些方面呢? 随后, 跟几位从事实验工作的朋友谈论了一番, 这才逐步心里琢磨出一些其中的窍门门道。
通用型PCR试剂盒到底能干什么?
讲明白些, 就是那组试剂盒, 不仅能够对您手上持有的这个基因进行扩增, 在更换一条引物、更换一个模板之后, 它依旧可以运行。
以往你购买试剂盒时, 必须先弄清楚你的实验对象究竟是何种物种, 是哪样的基因类型, 接着对照着表格一项项去核对, 一心害怕买错了。如今通用型试剂盒出现了, 你无需再为此而纠结了。
有人会问,那它是不是什么都能扩?
亦非如此。其仅仅是对缓冲体系、酶活性以及离子浓度予以优化, 使其于绝大多数常见模板的情形下均能够稳定地展开工作。简单来讲便是“适配性颇强”。若你要扩增细菌的16S, 它能够成功运行;若要扩增病毒的保守区, 它同样能够成功运行;若要扩增植物的内参基因, 依旧保持稳定。
为什么通用型试剂盒突然火了?
我猜,一个很重要的原因是——实验室的样品越来越杂了。
往日之时, 有一实验室, 或许仅专注于一种生物之相关研究, 像是仅仅着重人类来源之样本, 抑或仅仅着力于在小鼠相关课题范畴。然而当下状况又是怎样的呢? 环境类别之样本、土壤类型方面之样本、食品领域之样本, 甚至于考古范畴之样本均已纳入其中。倘若针对各个样本种类都配备一套专门用于此的试剂盒, 如此一来, 非但会耗费资金, 而且还会占据空间, 并且极为费神。
我的一位友人, 其所在实验室近来着手开展环境微生物研究, 样品的来源繁杂多样。往昔他们需要购置四五组各有不同的试剂盒, 而后改换为通用型的, 只需一盒便能全部解决。他在与我讲述此事之际, 语气当中充斥着全然的解脱之感。
通用型试剂盒的“坑”在哪里?
当然,这东西也不是完美无缺。
我得讲句实在的话, 通用型试剂盒于某些极端情形下, 表现或许比不上专用试剂盒。比如说, 你若要扩增一个GC含量特别高的区域时, 专用试剂盒会更稳, 又或者模板质量特别差的时候, 专用试剂盒会更稳, 再比如说样品里边抑制剂特别多的时候, 专用试剂盒会更稳。
但问题来了。这些极端情况在你的实验中常见吗?
若是你的实验之中, 超过百分之八十的部分皆是常规的、标准的PCR扩增行为, 那么通用型试剂盒是完全能够满足需求的, 剩余的百分之二十属于极端状况, 你全然能够单独预先准备一两盒专用试剂盒,专门针对它们进行处理, 没有必要由于那百分之二十的特殊情形, 致使百分之八十的实验一同承受困扰。
通用型试剂盒适合什么样的实验室?
我琢磨了一下,大概有这么几类:
第一类, 属于那种样品类型繁杂众多、然而每个样品所具备的数量却十分稀少的实验室。对于这样的实验室来讲, 要是使用专用的试剂盒, 那么每个品种仅仅购买一盒, 最终的结果却是半年的时间过去, 都根本用不完一盒, 等到保质期一到, 就全部都被浪费掉了。而通用型试剂盒, 一盒便能够支撑一整年, 既节省钱财, 又能够让使用者省心。
另一类, 是那种经常更换课题的实验室, 今天研究这个基因, 明天又去做那个基因, 实验室里项目的流动性颇为大, 用上通用型试剂盒, 便无需每次课题更替时都再次采购试剂盒了。
有这么一类, 是刚刚开始起步的实验室, 其预算处于有限的状况, 采购方面所拥有的经验同样有限, 这个时候去购买通用型试剂盒的话, 会是最为稳妥的一种相应选择, 起码不会因为出现买错试剂盒这种情况, 进而导致耽误实验的进度。
怎么判断一款通用型PCR试剂盒好不好?
这个嘛,没有标准答案,但我可以给你几个参考指标。
瞧那它的酶, 酶可是PCR的核心所在, 具备良好特性的通用型试剂盒, 其酶历经了定向进化或者改造, 有着耐热性良好、保真度颇佳、延伸速度较快的特点。
瞧它的缓冲体系, 缓冲体系之中的离子浓度, 以及pH值, 还有添加剂, 会直接对扩增的效率产生影响, 好的试剂盒会针对大多数模板对这个平衡予以优化。
瞧它的稳定性如何, 并非仅仅看其扩增状况是否良好, 更得看在反复冻融的情形下, 在长途运输的过程中, 在不同批次之间时, 它是否依旧保持稳定, 而这只能依靠口碑以及长期使用去加以验证。
嗯哼, 对, 有那么一点是比较容易被人给忽视掉, 那就是说明书。属于一款优秀的通用型试剂盒, 其说明书会被撰写得尤为详尽, 会将适用的模板类型给罗列出来, 还会把推荐的引物浓度给列举清楚, 包括退火温度范围也会写明, 甚至连常见的故障排除方法都会呈现出来。要是说明书被写得很简略粗糙, 那么这个试剂盒大概就不太靠谱。
最后说点我个人的想法
我不觉得通用型试剂盒会完全取代专用试剂盒。
拿你不会期望一把能开启所有门的万能钥匙来说同, 这表明通用型试剂盒存在它的界限, 然而它的存在, 实际上为实验室给予了更多的挑选、更多的灵活机动性。
特别是当下, 科研工作的节奏正变得越发迅猛, 实验所需的成本愈发敏感起来, 能够节省一件事情便节省一件事情, 能够节省一盒物品便节省一盒物品。通用型的试剂盒不见得是最为理想无缺的选择, 然而极有可能是最为明智聪慧的选择。
要是此刻你依旧处于对选购何种试剂盒存有纠结的状况, 那不妨先自行询问一下自己: 我手上现有的这些样品, 通用型的可不可以将其处理妥当? 要是可以的话, 那就试一下无妨。反正试剂盒这类物品, 尝试出错所产生的成本并不高, 万一出现实际效果很不错的情况呢。
对了,还有一点忘了说。
存在着这样一个隐蔽的优势, 那便是通用型试剂盒, 它能够使实验流程变得更为统一, 一旦整个实验室都运用同一试剂盒来进行PCR操作, 那么大家的操作习惯、实验条件以及数据可比性均会有所提升, 在开展横向对比实验这个环节, 此种情况尤为显著, 你将不会再因A师兄与B师妹所使用的试剂盒存在差异, 而针对究竟是模板问题还是体系问题展开争论。
这些细节,你在真正用起来之后才会体会到。