我跟你说,就上周,有个师弟被导师骂哭了。
跑了一整天的PCR,一条带都没有。
他一边抹着眼泪,一边跟我说道,“师姐,我所使用的乃是进口的试剂盒,价值两千多块钱。”。
我差点笑出声。
两千多块怎么了?贵的就一定好使?又不是买口红。
我们实验室里的PCR仪,那可都是老旧得不行了,温度上升下降慢得简直离谱,进行一次操作竟需要两个多小时。而隔壁王老师他们新购置的那一台,仅仅半个多小时就能够得出结果,人家为此可得意着呢。
我跟你说实话,PCR这事儿,耽误时间的真不是跑的那会儿。
我有个朋友,在北京一家生物公司做研发,她跟我吐槽过。
她们实验室先前使用的那个快速试剂盒,宣称三十分钟即可完成,然而实际情况如何呢?其重复性糟糕至极。今日跑出的条带亮得就仿若灯泡一般,可到了明日,同样的样本却变得模糊不清,宛如尚未睡醒的模样。她耗费了一个多月的时间进行折腾,最终更换了试剂盒才得以解决问题。
哪些场景必须用快速
嗯,我想想啊——
关乎食品安全的那种检测致病菌的情况,样本被送来之后,人家是在等待结果的状态,你却说会磨蹭个一两天,人家的货都已经卖完了。
动植物疫病情况亦是如此,非洲猪瘟你了解吧?去年我老家所处区域出现了这种情况。有一头猪被感染了,随后饲养该猪的整个养猪场的猪都必须进行扑杀处理,要知道那可是一百多头猪啊,投入进去的资金全部付诸东流了。要是你采用常规PCR方式慢慢检测,病毒早就扩散开来了。
环境监测同样如此。有过一回我们承接了一个项目,是对某条河的微生物污染情况进行检测。存在两百多个水样,要是按照常规的速度去开展相关工作,那得耗费多长时间呢?两个月吗?可那黄花菜早就凉了好多回了。
所以我说,快,有时候是真救命。
别被“15分钟”忽悠了
现在市面上的快速PCR试剂盒,说的天花乱坠的。
什么“15分钟出结果”、“3秒延伸”之类的。
我晓得有一些品牌的试剂盒的确是能够达成的,就像宝锐的MD2104-X,据说已经到了15分钟。另外还有NEB的KOD One™预混液,其延伸时间是5秒/kb。
听着很厉害对吧?
但我想说的是——你实验室的仪器,撑得住吗?
仪器配不上,快也没用
这是个大坑。
很多老机器,热循环的升降温速率压根跟不上。
你声称要运行一个时长为15分钟的程序,然而,你所拥有的PCR仪,其升温速度仅仅是每秒升高1℃,这般情况下,怎么会有可能达成呢?
假设你怀揣着乘坐火箭飞往月球的想法,然而实际给予你的却是一辆自行车,如果骑着它,哪怕历经无尽岁月,也根本无法抵达月球目标所在,这是何等的无奈啊。
存有些许试剂盒,其要求于普通PCR仪器之上亦能够得以使用,好似宝锐的那一款,宣称能够实现无缝适配普通仪器以及快速仪器。然而我却认为你依旧是必须要经过实际测试过后方能够知晓。
打个电话问问技术支撑,让他们给你寄点样品,自己跑一遍。
防污染?有UDG的安心一点
哦对了,说到PCR,污染这个问题真的让人头大。
实验室当中到处都是经过放大处理之后的产物情形下、空气中飘荡纷飞着的全都会是这些、你只要稍微一不小心就会扩出来的,假阳性一旦出现、整个实验就都必须得重新去做一遍的。
现在好的快速试剂盒都会有UDG或者UNG防污染系统。
那种能够降解含有尿嘧啶的PCR产物的酶,它可以起到防止气溶胶污染的作用。
像是全式金的那种免提取试剂盒带有UDG,宝锐的同样存在这种情况。留意着这些细微之处,内心会增添诸多踏实感,起码能够清楚厂家考虑得极为周全。
价格这事儿,怎么说呢
进口的确实贵。
罗氏这个品牌,赛默飞这个公司,Bio-Rad这个企业,其所生产的产品,一瓶的价格就要一两千,甚至达到三四千,运用起来时确实具备稳定性,然而心里却总是有一种正在滴血的感觉,仿佛是在实验室进行烧钱的行为,每一次打开一管产品,都有着如同在烧钞票一般的感受。
国产的便宜多了。
我友人前些时候使用过天根的,讲称性价比还算可以。另外还有上海研生、生工生物这些呢,其价格都蛮友善的。国内当下试剂盒市场每年呈现出增长百分之十二点五的态势,表明还是存在一定实力的。
不过我还是想说那个点——别只看单价。
一个算得上颇为不错,且具备快速特性的试剂盒,其所节省掉的时间,以及人工成本,经计算相比较而言或许实际上会更加划算一些。
然而也存在着例外,我知晓一位于学校任职的老师,因意图节省钱财而购置了一大批价格格外低廉的快速试剂盒,结果历经了长达大半年的折腾,所获取的数据根本无法使用,还多次更换了实验方案,最终被导师狠狠责骂了一顿,你说节省那区区几百块钱,究竟是否值得呢?
我曾使用过一个极其离谱扯蛋的试剂盒,其说明书上清清楚楚地如是写着 “快速扩增30分钟”,然而结果是我们自行操作跑下来,两个小时过去了仍旧扩不出条带,于是打电话询问技术支撑,对方却表示 “建议再延长10个循环”,听闻此答复后我差点气得吐血。
所以我现在买之前,一定先要样品。
小技巧
说实话,选PCR试剂盒,就是个体力活。
三个最关键的东西:灵敏度、扩增效率和重复性。
提及灵敏度,那就得瞧瞧检测下限,品质优异的试剂盒能够达到单拷贝的程度。扩增效率需处于百分之九十至百分之一百一十之间,R²要在零点九九之上。重复性得看CV值,小于百分之五才算达标。
此外,需对样本类型予以考量。要是样本属于血液、土壤这类复杂的样本,那就必须挑选抗干扰能力强的,否则便无法扩出。
再者,当拿到新的试剂盒之后,不要急于将其应用于正式的实验之中。首先要做一下所谓的预实验,借助标准品去摸索一下退火温度的梯度状况,进而查看不同温度条件下的扩增情形。有时候温度仅仅相差一度,然而结果却有着极大的差异。
我有着这样的习惯,会同时去做NTC以及无模板对照,将其当作给自己增添一份保障。试剂在进行分装之后,要记好标记批次和日期,要是有没用完的情况,该冷冻的进行冷冻处理,该储存的予以储存,按照说明书来规范操作,不要自作主张去耍小聪明。