今天不聊复杂的原理,就想说说我整天捣鼓的荧光PCR检测。
每一次,当我站立于这台荧光定量PCR仪跟前的时候,我都会觉着它宛如一名毫无情感的考官。
盯着屏幕上那些彩色曲线,能盯着看十分钟,总觉得它在嘲笑我。
上周跑的数据又飘了,三个复孔的Ct值差了1.5。
群里有人说:你这技术是做不了科研了。
用染料还是探针
刚接触的时候,觉得SYBR Green便宜,真心便宜。
加个染料就能跑,还要啥自行车。
结果呢,假阳性搞得我头大。
一种名为引物二聚体的东西,实在是极其可恶,它竟然具备能够发光的特性,随后在溶解曲线方面,就给弄出了两个峰。
师兄过来瞟了一眼说:你这背景太脏了,重做吧。
我当场就想把96孔板给摔了,一万个念头在脑子里打转。
后来导师委婉地说:你要不试试TaqMan探针?
好用是好用,特异性高。
但那玩意贵啊,一百多块钱一个反应。
若老板晓得我每回都使用这般昂贵的试剂,想来会将实验经费给我削减一半。
引物设计没那么简单
说起引物设计这件事,真的能气得睡不着觉。
有段时间NTC居然有扩增。
什么概念,水都能扩增。
我一度以为自己是个天才。
后来发现是引物二聚体搞的鬼。
真是最基础的错误。
再后来我学乖了,拿个小本本把这些全记下来:
目的片段控制在一百到三百bp之间。
上下游引物的Tm值相差不要超过一度。
GC含量保持在百分之四十到六十。
内参基因选不准,全都白瞎
刚入行的时候只知道用GAPDH。
觉得大家都用这个,我也用,准没毛病。
后来有一次跑出来的标准化数据特别奇怪。
一个师姐问我:你做的是代谢相关的?
这个情况下GAPDH有可能不稳定,你验证过吗?
我当时心说,啥,GAPDH还会不稳定?
验证个屁啊,我不知道。
辛辛苦苦做了好几天,想死的心都有了。
后来听论文说18S rRNA稳定,我赶紧换了。
嗯,确实稳定了一些。
就是在实验室里,有个师妹,她更厉害,直接挑选了两到三个内参,每一单个都去配引物,并且还前往机器那里实际测试,看哪一个最为稳定。
这才是正经做课题的。
我是真懒。
96孔板加样,手抖是大概率事件
每个孔20微升。
就那么一点点,枪头按下去的时候,指纹都在发抖。
上次做标准曲线,设置了六个梯度,每个梯度三个复孔。
还有样品,还有对照。
一块96孔板差点不够。
7次方、6次方……每个稀释梯度要换枪头,还要涡旋混匀。
最后我都不知道哪管是哪管了。
做了一下午,头眼花缭乱。
气泡这个小恶魔
荧光pcr检测对气泡特别敏感,我之前根本不知道。
有一次加完样,底部看起来特别清澈,啥也没有。
结果跑出来扩增曲线中间有个向下的尖刺。
就像心电图突然停了,但是又翘起来了。
搞不懂为什么。
重启机器重跑,问题一样。
后来一个师姐过来瞅了一眼:你没离心,这有气泡。
离个心能解决的事,我折腾了一整个下午。
做实验就是这样,折磨你没商量。
最怕的,跑完以后啥也没
做荧光定量PCR检测最怕什么?
最怕跑完一批,板子拆出来,发现全是直线。
荧光信号没变化,扩增曲线没反应。
Cq值根本不给算。
看着那些平平的线,大脑一片空白。
又想是不是哪个试剂出问题了,又想是不是机器坏掉了。
再度核查加样记录,发觉存在一处七管六管的地方,少添加了某样物品,又或是忘掉进行混匀的操作了。
有时候什么都检查不出来,只能硬着头皮再来。
就像往大海里扔一个石子,只听”咕咚“一声。
然后毫无反应。
实验室那些大神有时候也说:这个东西就是玄学。
好的时候特别顺。
差的时候,做什么错什么。
不过客观讲,荧光pcr检测是有用的技术。
灵敏度高,特异性强,几十个拷贝的DNA分子也能被抓到。
不然这技术也不会用这么多年了。
三个复孔为什么永远要这么多
为什么做荧光检测的时候一定要三个复孔?
我一开始不懂。
觉得那些有经验的师弟师妹太小心了。
后来有一次跑出来,数据是这样的:
第一个孔Ct值是22.1。
第二个孔是24.8。
第三个孔是23.2。
标准差直接超过了一。
这次我自己摇头。
因为再信誓旦旦地说这是实验误差,自己都骗不了自己。
没办法,只能把板子取出,再度进行加样操作,再次跑起来,再次折腾一番,接着持续重复做。
做实验,最折磨的就是这种无力感。
一些别的
荧光定量PCR技术在实验室太常见了。
好似实验室之中习以为常的常见之事,然而你始终无从晓得这顿饭会遭遇何种意料之外的情况。
它最为厉害之处在于,灵敏度是极高的,哪怕反应体系里仅仅只有几个拷贝,也是能够被检测出来的。
但同时这玩意极度娇贵。
荧光PCR检测的流程并非繁杂,存在五个具有显著区分的大环节,其一为样本提取,其二是引物以及探针技术运用,其三是PCR反应过程,其四是荧光实时收集工作,最后一项则是数据分析环节。
但每一步都是坑,掉一个都会毁了好几天的结果。
好多时候,弄不明白为何会失败,向好多人询问之后,依旧不清楚。做过多回实验后,才会明白,有时的确是不存在缘由的,再怎么严谨进行操作,也抵御不住某种微妙的、无法控制的状况。
写在最后
或许全部的检测手段,致使你在前期心生烦恼,于中期陷入崩溃,至后期不禁落泪,然而最终却莫名其妙地产生了些许成就感。
对于荧光pcr检测而言,它属于分子生物学领域当中具有革命性意义的技术,其具备能够实时监测荧光信号的特性,还可以精确量化靶基因。
这些我当然知道。
但依然觉得它让人又爱又恨。
将一批板子做完,之后安安静静地跑完,此时数据呈现出整整齐齐的状态。就在那一刻,真的是挺棒的。
希望你看到荧屏亮起来的时候,结果漂亮。
希望你的扩增曲线长得好。
希望你的Ct值别乱飘。
期望跟你一同开展实践的那种人生呀,恰似你所拥有的样本那般,一回回皆绝对不可以出现丝毫差错呢。